Kao i u prošlim delovima, priča nas vodi u feudalni pseudo-istorijski Japan. Brojne naseobine (a sa njima i nevini životi) padaju pokošeni hladnim mačem zlog Zankuro-a. Nekada veliki samuraj, sada nemilosrdni demon sa namerom da uspostavi vladavinu terora, seje seme razaranja na sve strane. U sveopštem užasu, na scenu stupaju heroji zaslužni za svrgavanje Mizukija, ali i neka nova lica žedna slave ili osvete.

Razlike se uočavaju već pri startovanju igre i ulazku u meni za odabir boraca. Earthquake, Wan-Fu, Cham-Cham, Nicotine, Yubei, Charlotte i Sieger su izbačeni što je izazvalo ogromno negodovanje fanova. SNK ih je poslao u (preranu) penziju, a njihovo mesto povereno je novim likovima. Shizumaru (decak nežne prirode sa neslućenim mocima), Basara (sen koja se vratila iz smrti u potrazi za osvetom), Gaira (unuk Nictoine-a) i Rimururu (sestra Nakoruru). Amakusa se vratio, sada kao igriv lik. Razočaravajuće mali izbor samuraja u odnosu na prethodnu igru delimično je opravdan davanjem novog izgleda starim likovima, čija je animacija prilično poboljšana. Svi su urađeni u manga fazonu, za razliku od ranijih delova gde su svi manje-više bili karikirani. Zankuro je kako karakterom tako i izgledom, bez sumnje najbolji boss SS serijala. Tradicija baziranja novih boraca SS igara na sada već kultnim likovima iz anime-a Ninja Scroll se nastavlja (izgled Basare je očigledno inspirisan Shijimom).

Međutim, razlike nisu samo u izgledu. Mehanika igre je pretrpela najveće izmene, što je za SS serijal koji je uvek imao besprekoran gameplay potpuno nepotreban potez. Glavna novost je mogućnost odabira dva borilačka režima, Slash i Bust. Osim malih razlika u izgledu, u zavisnosti koji režim izaberete, dobićete odredene prednosti i mane ali i neke specifične poteze! Takođe, mogu se odabrati tri nivoa težine: Begginers Class, Medium Grade i Upper Grade. Još jedna izmena tiče se dodele udaraca, koji su podešeni tako da svaki (uključujući i teški) udarac ima sopstveni taster, ostavljajući zadnje (D) dugme za napad nogom koji je u većini slučajeva beskoristan. Ovo je drastično uticalo na borbe, čiji se ishod sada može odlučiti sa samo 3 udarca (u periodu od 10 sekundi)! Glavni razlog tome je "teški" udarac koji nanosi prilično oštećenje protivniku. Specijalni udarci u SS3 oduzimaju malo energije, za razliku od super poteza koji je i dalje koristan. POW bar je takođe prisutan, ali sa jednom malom novinom: Držanje A, B i C dugmeta u isto vreme POW bar vam se puni! Uvedena su i hvatanja i bacanja kojima protivnika na nekoliko sekundi ostavljate izloženog svim vrstama napada. Sada, pre početka svake runde, omogućeno je kretanje likova, što takođe utiče na izvođenje.